La muestra deber ser representativa del sistema a analizar y tomarse con cuidado para que no se modifiquen ni contaminen sus propiedades. Si no se tienen los recaudos necesarios se pueden obtener resultados erróneos. 

El procedimiento a realizar dependerá del punto de muestreo, de las características del agua y de la finalidad de la misma. Se recomienda seguir las recomendaciones del laboratorio.