El envase en el que se debe tomar la muestra dependerá del análisis a realizar: 

• Para análisis físico-químico se usarán envases de plástico o vidrio de 1 litro con buen cierre.

• Para análisis microbiológico se recomiendan envases de plástico o vidrio esterilizados de 1 o 1,5 litros con tapa hermética y, en lo posible, de boca ancha. También pueden utilizarse bolsas especiales de polietileno estériles. 

• Para análisis de metales se utilizarán envases limpios de 0,5 litros con tapón roscados. 

• Para análisis de residuos se emplearán envases esterilizados con tapón roscado de 1 litro. 

Antes de tomar la muestra se debe enjuagar el envase al menos tres veces con el agua a muestrear sin usar detergentes. 

Si se va a reutilizar un envase, se deben descartar aquellos que hayan contenido agua contaminada, combustibles, soluciones concentradas, etc.